Maar de hertog van Alva verslaat enkele maanden later het leger van Lodewijk van Nassau. De watergeuzen kunnen niet meer doen dan de vluchtende soldaten uit het water oppikken. Jan Abels doet daarbij weer van zich spreken om zijn heldendaden. Het aantal watergeuzen stijgt flink hoewel de slag met Alva verloren is.

Jan Abels huurt half februari 1569 in Norden een boot die hij met 25 koppen bemant. Zij roven een Westfries schip geladen met kaas en nemen dan een groot schip uit Delfzijl in bezit.

Ook plundert hij nog een Amsterdams schip. Bij Delfzijl breidt Abels zijn manschappen uit met nog eens 50 vechtersbazen. Binnen een week veroveren zij nog eens vijf schepen. Medio maart wordt de buit ten gelde gemaakt. Abels broer Tamme, zijn zoon Focke, die op 1 april 1572 meehelpt bij de inname van Den Briel, en zijn vrouw helpen mee de buit te verkopen in Emden en Norden in het Oost-Friesland.

(bron: De Watergeuzen dr J.C.A. de Meij)

Het stadsbestuur van Emden lijkt maatregelen te willen nemen tegen de rooftochten. Jan Abels besluit dan uit te wijken naar Engeland. Begin mei lopen zijn schepen de haven van Lincolnshire binnen. De Engelsen zijn anti-Spaans, maar verhoren Jan Abels toch. Jan Abels zweert alleen spullen in beslag te hebben genomen die van Nederlanders zijn gestolen.

Hij beroept zich tegenover de Engelse rechter op een brief van Lodewijk van Nassau waarin staat dat hij de schade, de Spanjaarden hebben zijn huis vernield, mag verhalen op de vijand. Lodewijk is echter geen souvereine vorst, zoals zijn broer de prins van Oranje. Dit betekent dat Jan Abels als zeerover gebrandmerkt kan worden en achter de tralies kan verdwijnen. De Engelsen laten hem gelukkig lopen.

In de zomer van 1570 is hij samen met andere watergeuzen actief in de Waddenzee, voor de Friese kust en in oktober wil hij deelnemen aan een invasie van de Opstandelingen vanuit Emden onder leiding van Sonoy en Lumbres. Een aantal schepen vergaat in de Allerheiligenvloed op 1 november 1570 nog voordat ze in actie komen. Die nacht sterven zo'n 3000 mensen.

In juli 1571 meldt Jan Abels aan Lodewijk van Nassau in Calais dat de vrijbuiters opnieuw klaar zijn voor een invasie. De watergeuzen verlaten, in afwachting van nieuwe bevelen, Dover en gaan voor anker bij Duins.

Maar onderhandelingen over de aanval op Spanje lopen vast. De watergeuzen blijven voor de Engelse kust kruisen. Jan Abels overlijdt korte tijd later in Engeland.