Klokken
Dat de kerk in 1610 ook over een klok beschikt blijkt eveneens uit de kerkrekeningen. Waar deze klok heeft gehangen is onduidelijk. Het torentje geeft geen aanwijzingen dat daar ooit een klokkenstoel heeft gezeten. Opmerkelijker is in dit verband dat er in 1626 en 1663 sprake is van het meervoud: klokken (noot.47) in de Janskerk. In 1684 is een nieuwe klok gekocht, waarschijnlijk ter vervanging van 1 van de oude klokken.

Uurwerk
Ook de aanwezigheid van een uurwerk in de kerk is bekend. In de stukken rond het beleg komt nog wel de reparatie aan een uurwerk voor dat door de geuzen is gehavend; pas in 1714 noemen de kerkrekeningen een betaling van f 38 'voor `t maecken van oorlogie in de Janskerck' (noot.48). De kerk bezit nog een uurwerk inclusief wijzerplaten en een klok van de gieters J. en P. Verbruggen, 's-Gravenhage uit 1763.

Portaal en preekstoel
In de jaren 1627-1628 is de oude preekstoel vervangen. Het natuurstenen poortje aan de oostzijde van de kerk met het portaal is geplaatst, met verguldwerk en al, waarboven de protestantse verzuchting te lezen is, dat in deze kerk nu eindelijk Gods `suyver` woord wordt verkondigd en gehoord.

Leeszaal
Hoe en wanneer de tegenwoordige leeszaal is gebouwd is onbekend. Mogelijk is deze voormalige Janskamer in de 17de eeuw ontstaan met gebruikmaking van middeleeuwse muurresten, misschien van de oude sacristie (er zijn funderingsresten), maar dat is niet zeker. In 1758 is de zaal - die al in gebruik is bij de Hervormde Diaconie - verbouwd en voorzien van de nog bestaande grote raamkozijnen en het fonteintje in de hoek bij de ingang van de leeszaal. Deze Janskamer is gebruikt voor het uitdelen van allerlei benodigdheden voor de armen zoals brood, dekens en later zelfs ook worst.

18de eeuw
In 1768 zijn de lijken vanuit de Weeskerk - de kapel van het in dat jaar gesloopte Heilige Geesthuis, die op de plaats van het huidige Hofje van Oorschot in de Kruisstraat stond - naar de Janskerk gebracht. Talrijke grafstenen herinneren (noot.49) daaraan. In 1779 heeft de stadsfabriek, de voorloper van de gemeentelijke afdeling openbare werken, een rapport uitgebracht over de toestand van de Janskerk, waarbij het noodzakelijk werd geacht een nieuwe boog te metselen, want, `dat het een wonder is, dat de muur boven de boog niet is ingestort` (noot.50).

Van welke boog hier sprake is vermeldt de rapporteur niet. Ook het opgaand muurwerk van de kerk boven de leeszaal onder één der vensters verkeert in slechte staat en is bovendien niet dikker dan een `clasoor` (noot.51). In deze bouwkundig slechte staat is nog in hetzelfde jaar verandering gebracht, zodat bij een taxatie van de kerkgebouwen in 1798 de Janskerk er niet slecht af komt. De Grote Kerk blijkt ``niets waard`` te zijn, maar de Janskerk f 1000 (bijna 500 euro). De Nieuwe Kerk, waarvan de toren is gerestaureerd (noot.52), komt op f 2000 - 900 euro uit (noot.53).

Krijgsgevangenen
In 1799 landt in Callantsoog een met Russen versterkt Engels leger om de Fransen te verdrijven en Oranje weer in het zadel te helpen. Deze expeditie leidt echter, na aanvankelijk succes, tot een nederlaag voor de Engelsen en Prinsgezinden, die tegen de uitlevering van ondermeer 8000 krijgsgevangenen een vrije aftocht krijgen. Voor het herbergen van een deel van de Russische en Engelse gevangenen is onder andere de Janskerk aangewezen en daarvoor in gereedheid gebracht. In totaal zijn op 20 september 1799 661 Russen en 306 Engelsen binnen de stad gebracht. (noot.54)

19de eeuw
In 1814 zou de kerk bijna voor de tweede keer militairen binnen haar muren krijgen, toen het plan is opgevat de kerk te bestemmen tot `exercitieplaats voor de coloniale troupen', die in Haarlem in garnizoen lagen. Het kerkbestuur is fel tegen en wijst het verzoek van het departement van oorlog van de hand. (noot.55)

Over de geschiedenis van de kerk in de verdere jaren van de negentiende eeuw is weinig bekend. Vermoedelijk is de kerk na de Franse tijd weer een eenvoudige hervormde kerk geworden. Veel bejaarden bezoeken de kerk, nadat in 1856 de Diaconie de gebouwen naast de Janskerk koopt. Scholten heeft er een kostschool gehad. Om aan de Eredienst muzikaal luister bij te zetten (het kerkgezang is voorheen slechts ondersteund door een voorzanger) is op de westgalerij van de kerk in 1844 een eenvoudig orgel geplaatst (noot.56),dat na 1883 is vervangen door het orgel uit de doopsgezinde kerk. De doopsgezinde kerk heeft dat jaar een nieuw instrument gekocht. Het naar de Janskerk overgebrachte orgel is gebouwd in 1807 door Johan Friedrichs in Gouda en bij de overplaatsing hersteld door de eveneens Goudse orgelbouwer Gabry. Delen van dit orgel zouden na het sluiten van de Janskerk als kerk, verwerkt zijn in het orgel van de Bakenesserkerk.

20ste eeuw: de kluis in de kerk
Eerst in 1930 komt de kerk weer in de belangstelling, toen de diaconie van de Nederlands hervormde gemeente de kerk van de kerkvoogdij koopt met de bedoeling deze te slopen om bejaardenwoningen te bouwen. Dank zij het feit, dat het college van Burgemeester en Wethouders overtuigd is van de historische betekenis van de kerk, en ook de eenvoudige schoonheid van de kosterswoning kon inzien, vraagt het vollege de gemeenteraad toestemming het complex te mogen aankopen met de bedoeling daarin het archief van de gemeente onder te brengen. De gemeenteraad besluit de kerk en kosterij voor f 35.000 (16.000 euro) (inclusief een Rijksbijdrage van f 5000 (zo`n 2300 euro) te kopen.

De restauratie van de kerk en de gebouwen is begroot op f 11.000 (5000 euro). De verbouwingskosten, inclusief het bouwen van een kluis voor de brand- en inbraakvrije berging van archieven en het maken van werkvertrekken, zouden f 42.000 (20.000 euro) belopen. Door de economische recessie in de dertiger jaren is het werk uitgesteld tot april 1936. Al op 9 november van dat jaar begon de verhuizing van zo'n twintig wagenvrachten boeken en archivalia, zodat nog datzelfde jaar op 28 december de toenmalige burgemeester J.E. Baron de Vos van Steenwijk de sleutel in de voordeur steekt om het nieuwe gemeentearchief plechtig te openen in het bijzijn van de nieuwe gemeentearchivaris mej. dr. G.H. Kurtz. De restauratie van de kerk die in slechtere staat verkeert, kost nog enige duizenden guldens extra en is pas in 1938 voltooid.(noot.57)

De stroom van archiefstukken voor en na de Tweede Wereldoorlog naar het nieuwe gemeentearchief is zo groot dat in 1950 het archief moet worden uitgebreid. Een derde verdieping wordt op de kluis uit 1936 gebouwd. In de hierna ontwikkelde plannen is al rekening gehouden met de mogelijkheid om in het vrij gebleven schip van de kerk uit te breiden in de vorm van een depot voor de Stedelijke Atlas en een gehoorzaal voor 150 personen. Deze ruimte is in gebruik bij openbare werken als opslagplaats van materialen en in 1955 heeft de naburige diaconie een gedeelte gehuurd, waarin deze een kapel laat bouwen.

Uitvoering van dit plan kan pas geschieden na 31 december 1964, wanneer het huurcontract met de buren afloopt. (noot.58) Al deze plannen komen echter niet tot uitvoering omdat de kerk gerestaureerd moet worden, waarvoor echter de financiële middelen ontbreekt. Wel worden er enige verbouwingen toegestaan, zoals het maken van kantoorruimte (thans bibliotheek), het tot 'schrijfkamer' ombouwen van de zolder boven de leeszaal, het restaureren van de poorten tussen de Jansstraat en het Schapenplein en het maken van een rijwielberging in 1963.

Gemeenteraadsleden overwegen in 1966 het Rijksarchief in Noord-Holland en het gemeentearchief samen onder te brengen in een nieuw gebouw in Schalkwijk naar Utrechts voorbeeld. Maar het archief moest in de binnenstad blijven. De Stedelijke Atlas is al ondergebracht in de in 1965 vrijgekomen kapel van de diaconie. Het ontbreken van daglicht en ventilatiemogelijkheden maakt dit een ongezonde werkruimte.

In 1973 komt het onderwerp: uitbreiding van het archiefdepot, weer aan de orde. De gemeenteraad keurt op 21 februari van dat jaar het plan goed om naast de bestaande archiefkluis uit 1936 een nieuwe te bouwen. In 1975 is de uitbreiding van de archiefcapaciteit gekoppeld aan een restauratie van de kerk. De raad besluit het werk in twee fasen uit te voeren, waaraan eind 1980 de laatste hand wordt gelegd. Vijf archiefverdiepingen zijn er, waaronder één verdieping voor de Stedelijke Atlas en één. Het is jammer, dat de restauratie van de kerk gepaard gaat met het verlies van een aantal decoraties; betreurenswaardig is het verdwijnen van een (vermoedelijk evangelisten-)kopje onder een der muurschalken aan het zuidoosteinde van de kerk en het sneuvelen van een klein gebrandschilderd 18^de eeuws wapenruitje van de familie Braakenburg in het oostvenster.

Fresco
Daar staat tegenover, dat de restauratie een fragment van een muurschildering aan het licht bracht. Die fresco is een aanwinst en geeft enigszins aan hoe fraai de kerk in de Middeleeuwen gedecoreerd moet zijn geweest. Tegenover het verlies staat ook het voordeel van een betere opbergmogelijkheid voor de eveneens onvervangbare archiefstukken en de topografisch historische of stedelijke atlas.

Het is een lust voor het oog wanneer men over de zerkenvloer van de zijbeuk loopt en een speels zonnetje het glas van de vernieuwde vensters op de lichte muurvlakken in bonte kleuren projecteert. Dan kan men beseffen blij te moeten zijn dat er geen bejaardenwoningen zijn gebouwd en dat het archief niet in een ultramodern gebouw in Schalkwijk is ondergebracht.

47 Kerkrekeningen mei 1626 en november 1663

48 idem februari 1714

49 idem augustus 1768

50 GAH Originele en Authentieke Stukken 1779 fel. 325 e.v.

51 waarschijnlijk bedoeld: klis-klezoor, een over de lengte middendoor geslagen baksteen.

52 zie Monumentenbulletin nr.1 (maart 1980)

53 zie GAH Loketkast 5+6.179 d.d. 22 november 1798

54 idem 5+6.180 d.d. 21 september 1799

55 zie ingekomen stukken 1814 nr.685

56 W.P.J.Overmeer, De orgels in de Groote- NieuweJans- en Bakenesserkerk te Haarlem, 1904, blz.43-45

57 zie:Raadsverslagen 1930 d.d. 10 december nr.22; 1935 d.d. 27 november nr. 33; 1937 d.d. 25 augustus nr. 7; Verslagen van de toestand van de gemeente 1936, bijlage I blz.1 en 1938, bijlage XIX blz.9 nr.7

58 zie Archief Openbare Werken, brief nr.28.739 d.d. 2 juni 1959.