Ook het kerkhof was nog in tact toen
de Waalse gemeente het eigendomsrecht aan het gemeentebestuur teruggaf. In 1572 had
de Waalse gemeente de kerk in eigendom verkregen. De toren ging datzelfde
jaar tegen de vlakte. De dakspannen konden opnieuw worden gebruikt in de
rk kerk aan de Lange Brug.
School
Het terrein kreeg in de loop van
de negentiende eeuw een nieuwe bestemming: onderwijs. De school ging nog
niet zo heel lang geleden tegen de vlakte.
Direct daarna, in 1979,
bleek dat het fundament van de kerk nog in tact is. Zelfs resten van de
vroeg veertiende eeuwse kapel zijn ontdekt. Zelfs de fundering
van een altaar zag weer het daglicht.
Grafkamer
Epitafen uit de zeventiende eeuw
zijn voor de sloop van de Vrouwenkerk naar de Pieterskerk gebracht. In 1981 is de grafkamer
ontdekt met de botten van de beroemde Leidse professor Josephus Justus Scaliger (1540
- 1609). Het gemeentebestuur heeft de overblijfselen van de
muur geprepareerd en er een plein aangelegd. Bij de restauratie van het
museum Boerhave in 1989
zijn enkele grafzerken op de oude plek teruggeplaatst.
Het natuurstenen toeganspoortje uit
de sacristie is in beton gegoten en aan de binnenzijde van het koor geplaatst.
In de oostgevel is een cartouche geplaatst met opschrift En salicht Leyden.